Date: 2015-03-03 12:12 am (UTC)
From: [identity profile] antoschka-smtrt.livejournal.com
Спасибо большое ! А где же первая ?

Date: 2015-03-03 06:47 am (UTC)
From: [identity profile] combinator30.livejournal.com
См. несколькими постами ниже в моём ЖЖ.

Date: 2015-03-05 11:21 am (UTC)
From: [identity profile] http://users.livejournal.com/_hellmaus_/
По происхождению эукариот пока не готов тебе возражать, а по твоей версии происхождения архей выскажусь.

Твой вариант происхождения архей из бактерий более обоснован, чем у Кавалье-Смита ;) В частности, в твоем варианте логично объясняется сходство архейных ДНК-полимераз с вирусными.

Но есть и возражения.
Во-первых, не вижу объяснения многочисленным данным по укоренению древа жизни по белкам, дуплицировавшимся в LUCA (аминоацил-тРНК-синтетазам, факторам элонгации).
Во-вторых, почему при замене бактериальных липидов на архейные могло понадобиться менять хиральность глицерола?
В-третьих, достаточно четкое разделение АТФ-синтаз на F и A/V семейства плохо вписывается в сценарий происхождения архей от клостридий.
В-четвертых, если архей сделал вирус, то почему они так отличаются от бактерий по предпочитаемым экологическим нишам?

Date: 2015-03-05 05:22 pm (UTC)
From: [identity profile] combinator30.livejournal.com
Спасибо за интерес к моему творчеству.

По древним дупликациям генов корень получается как раз среди бактерий (вот, например, фрагмент из последней книги Кунина)
======================================
Two groups independently developed an ingenious idea to inject a
root position into the rootless tree of the kind shown in Figure 2-3. To
this end, one can use ancient paralogs that are represented in (nearly)
all organisms and thus can be confidently inferred to have evolved via
a duplication antedating the Last Universal Common Ancestor (LUCA).
When a tree is constructed jointly for two paralogous sets of ancient
orthologs, the position of the root between them is certain, so the root
can be inferred for each of the orthologous sets as well (see Figure 2-4;
Gogarten, et al., 1989; Iwabe, et al., 1989). The results of analysis of two
pairs of primordial paralogs, translation factors, and membrane ATPase
subunits were fully congruent and placed the root on the bacterial
branch
=======================
Правда, сейчас об этих результатах как-то подзабыли.

По поводу хириальности глицерола - я думаю, у ферментов LUCA просто ещё не было селективности по хириальности пришиваемого к углеводородам глицерола, она появилась несколько позже. Про то, что такие мембраны вполне возможны, и даже успешно синтезированы, я, кажется, уже давал ссылку.

F-type АТФ-синтазы у клостридий тоже располагаются вблизи точки ORI, так что, не удивительно, что их нет у архей.

Археи произошли не просто от бактерий, а, конкретно, от близкого к клостридиям семейства. И с клостридиями у них, в принципе, есть достаточно много общего. Большую метеоритную бомбаридировку пережили только археи-экстремалы, сумевшие для усиления прочности мембраны освоить синтез ненасыщенных жирных кислот. Когда условия более-менее стабилизировались, и археям стало возможно выползти из гипертермофильных экологических ниш, быстро выяснилось, что для конкуренции с бактериями им не хватает многих метаболических цепочек, так что, почти всё, кроме метаногенеза, пришлось "воровать" у бактерий, но на равных конкурировать с бактериями в непривычной для них среде обитания, им всё равно было сложно. Кстати, как раз несколько месяцев назад вышла статья, общий вывод которой в том, что почти все гены, необходимые для метаболизма (кроме "метаногенных") были заимствованы археями у бактерий.
Edited Date: 2015-03-05 06:11 pm (UTC)

Profile

combinator30: (Default)
combinator30

October 2016

S M T W T F S
      1
2345678
9101112131415
16171819202122
23 242526272829
3031     

Style Credit

Expand Cut Tags

No cut tags
Page generated Sep. 19th, 2017 08:43 pm
Powered by Dreamwidth Studios