По происхождению эукариот пока не готов тебе возражать, а по твоей версии происхождения архей выскажусь.

Твой вариант происхождения архей из бактерий более обоснован, чем у Кавалье-Смита ;) В частности, в твоем варианте логично объясняется сходство архейных ДНК-полимераз с вирусными.

Но есть и возражения.
Во-первых, не вижу объяснения многочисленным данным по укоренению древа жизни по белкам, дуплицировавшимся в LUCA (аминоацил-тРНК-синтетазам, факторам элонгации).
Во-вторых, почему при замене бактериальных липидов на архейные могло понадобиться менять хиральность глицерола?
В-третьих, достаточно четкое разделение АТФ-синтаз на F и A/V семейства плохо вписывается в сценарий происхождения архей от клостридий.
В-четвертых, если архей сделал вирус, то почему они так отличаются от бактерий по предпочитаемым экологическим нишам?